ОАО «МегаФон» реорганизовано в форме присоединения региональных дочерних обществ. 1 июля 2009 года в Единый государственный реестр юридических лиц внесены записи о прекращении деятельности ЗАО «Соник Дуо», ЗАО «Мобиком-Кавказ», ЗАО «Мобиком-Центр», ОАО «МСС-Поволжье», ЗАО «Уральский Джи Эс Эм», ЗАО «Мобиком-Новосибирск» и ЗАО «Мобиком-Хабаровск».

С 1 июля 2009 года услуги мобильной связи на территории России оказывают Столичный, Кавказский, Центральный, Поволжский, Уральский, Сибирский и Дальневосточный филиалы ОАО «МегаФон». Северо-Западный филиал ОАО «МегаФон» действует с мая 2002 года.

В рамках подготовки к реорганизации проделана большая работа по корпоративному строительству. Директорами созданных филиалов ОАО «МегаФон» назначены Генеральные директоры дочерних компаний, прекративших свою деятельность. При этом все руководители филиалов 02 июня 2009 года избраны в Правление ОАО МегаФон». Кроме того каждый из директоров филиалов 01 июня 2009 года стал Заместителем Генерального директора ОАО «МегаФон» по соответствующему региону.

Выстроена новая структура уровней управления в рамках единой компании. В составе филиалов созданы региональные отделения, осуществляющие деятельность в одном или нескольких субъектах РФ (всего в составе ОАО «МегаФон» 54 региональных отделения). В составе некоторых крупных региональных отделений созданы более мелкие обособленные подразделения в республиках, областях и городах.

В ходе реорганизации были унифицированы Условия оказания услуг связи, являющиеся основным документом, в соответствии с которым осуществляется оказание услуг клиентам, а также договоры с дилерами, контент-провайдерами, платежными системами, оказывающими комплекс услуг клиентам МегаФона.