Между тем потеря самостоятельности местного самоуправления началась раньше, ещё при прямых выборах. Последний «бастион» реального самоуправления пал в Воткинске в 2002 году, тогда республиканским властям благодаря мобилизации огромных административных и финансовых ресурсов удалось победить на выборах последнего из самостоятельных глав местного самоуправления - Валерия Фридриха.


Полномочия мэров раньше были значительно шире тех, что могут иметь сегодня главы муниципальных образований при любом из двух возможных вариантов, установленных федеральным законодательством. Глава местного самоуправления - мэр города Ижевска Анатолий Салтыков, избиравшийся на эту должность два раза подряд, к примеру, был одновременно и главой администрации, и председателем Городской думы, причём с правом решающего голоса.


Прямые выборы мэров в столице Удмуртии всегда были конкурентными. Но если на первых выборах, прошедших в Ижевске 10 апреля 1994 года, конкуренция проходила прежде всего между личностями, то во время вторых (12 апреля 1998 года) и третьих выборов (21 октября 2001 года) между собой боролись уже уровни власти. В 1998-м республиканское руководство пошло на выборы как на войну против местного самоуправления, а в 2001-м, когда первый мэр Анатолий Салтыков сам отказался от дальнейшего сопротивления и получил место в Совете Федерации, республиканские власти сцепились за контроль над Ижевском с нижегородскими федералами.


Сменивший Салтыкова в октябре 2001 году на посту мэра Ижевска Виктор Балакин, хотя и являлся до этого долгие годы креатурой предшественника, после избрания стал считаться «ставленником Волкова». При этом, чтобы исключить даже случайные порывы к самоуправлению, в первые заместители главы администрации к Виктору Балакину сразу был приставлен Александр Ушаков, ставший в 2005 году (после отмены прямых выборов) сити-менеджером, а в конце прошлого года избранный депутатами Гордумы новым главой муниципального образования вместо Балакина.


С первыми выборами мэра в столице Удмуртии связано самое большое социальное благо – бесплатный проезд в общественном транспорте для всех ижевских пенсионеров, просуществовавший в неизменном виде до 2005 года, то есть почти ровно столько же, сколько и сами прямые выборы. Однако первый раз всенародные выборы мэра Ижевска не вызвали большого ажиотажа среди ижевчан. Явка на избирательные участки 10 апреля 1994 года составила лишь 34,4 процента. Первым из шести кандидатов, как и ожидалось, стал действующий руководитель горисполкома Анатолий Салтыков, за него проголосовало около 75,2 тыс. человек (47,7%). Сенсацией тех выборов стал успех молодого предпринимателя Сергея Чикурова, занявшего второе место с результатом 49,8 тыс. голосов (31,6%).


Ситуация изменилась, когда будущий первый и последний президент Удмуртии Александр Волков начал делать первые шаги по выстраиванию своей вертикали власти. Результатом этих шагов стали самые масштабные по степени вовлечённости населения Ижевска местные выборы 1998 года, когда Александр Волков (в то время председатель Госсовета УР) попытался сместить Анатолия Салтыкова, выдвинув ему в пику «республиканского кандидата» Валерия Загайнова, министра жилищно-коммунального хозяйства. Преимущество в счёте в этой жесткой борьбе осталось на стороне ижевского самоуправления.
При явке 52,7 процента «за» Валерия Загайнова 12 апреля 1998 года проголосовали 64,6 тыс. чел. (25,3%), «за» Анатолия Салтыкова – 113,4 тыс. чел. (44,4%), и ещё почти 56,2 тыс. избирателей (21,9%) в совокупности отдали свои голоса за трёх других кандидатов (Сергея Савичева, Андрея Солуянова и Сергея Щукина), также агитировавших за местное самоуправление.


Последние всенародные выборы мэра Ижевска, прошедшие досрочно в 2001 году, после того, как за неделю до дня голосования с выборной гонки снялся по звонку полпреда Сергея Кириенко основной соперник Балакина – главный федеральный инспектор по УР Сергей Чикуров, запомнились, наоборот, как самые непопулярные. Несмотря на обилие оставшихся участвовать в выборах кандидатов (12 чел.), на избирательные участки 21 октября пришли всего 30,89 процента избирателей, из них 14,43 процента поставили галочки в графе «против всех». За победителя проголосовал каждый второй, в абсолютных числах это 80,9 тыс. человек. Тогда ещё никто не знал, что именно на Виктора Балакина ляжет задача выполнить роль «троянского коня» для самоуправления в Ижевске.


Спустя четыре года - 16 июня 2005 г. - последний выборный мэр дал «добро» на принятие депутатами Городской думы нового Устава Ижевска. В нём уже не было всенародных выборов, вместо мэра появился избираемый депутатами из своего состава глава муниципального образования (ГМО) и сити-менеджер, фактически назначаемый «конкурсной комиссией», сформированной из представителей Гордумы и исполнительной власти Удмуртии. После выборов, состоявшихся 16 октября 2005 года, внесённые изменения в Устав вступили в законную силу.


За кадром этих перипетий остались три гражданских инициативы. Узнав о готовящейся отмене всенародного порядка избрания мэра города, группа жителей Воткинска выступила 9 июня 2005 года с инициативой проведения местного референдума с вопросом: «Согласны ли Вы, что глава муниципального образования «город Воткинск» избирается всенародно на муниципальных выборах и возглавляет местную администрацию?».


В Ижевске с аналогичной инициативой накануне принятия нового Устава города выступили сразу две группы. Одна - это активисты Общественного совета пенсионеров, созданного во время кампании против монетизации льгот, вторая группа - преподаватели-историки из Удмуртского госуниверситета. В версии ижевчан предложенный для вынесения на референдум вопрос звучал так: «Согласны ли Вы с тем, чтобы глава муниципального образования «город Ижевск» - мэр города Ижевска избирался на муниципальных выборах на основе всеобщего равного и прямого избирательного права при тайном голосовании?».


В июле депутаты городских дум Воткинска и Ижевска, уже настроенные на отмену выборов мэров, приняли отказные решения, признав предложенные вопросы не отвечающими требованиям федерального законодательства. Избирательная комиссия города Ижевска вынесла по этому поводу Постановление «Об отказе в регистрации инициативных групп по проведению местного референдума» № 662 от 8 августа 2005 года. На этом история борьбы за независимое от республиканских властей местное самоуправление в городах Удмуртии прервалась на долгих шесть лет.